1.1. O comando foi o setwd(). Por exemplo, setwd("C:/Documents and Settings/Administrador/Meus documentos/temp1")

1.2. O comando  o rm(). Basta rodar o script novamente, utilizando Control+A e Control+R

1.3. O objeto letter contem o alfabeto em letras minsculas. O objeto LETTERS contem o alfabeto em letras maiusculas. Poderamos utilizar
fator_1 <- factor(letter)